Фамилия Самунин — русская по форме, но её основа ведёт к церковному имени Самуил. В просторечии имя Самуил нередко сокращали до Самуня, Самуха или Самуша. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Самунин буквально значит «сын Самуни» или «человек из рода Самуни». Так образовывали фамилии от имён, прозвищ и профессий, оканчивающихся на -а или -я, — в отличие от фамилий на -ов, которые крепились к основам на согласный.

Самуил — древнееврейское имя, которое переводят как «услышанный Богом». В православных святцах оно встречается нечасто, но известно по ветхозаветному пророку Самуилу. В быту крестьян и горожан XVIII–XIX веков полное имя часто заменяли уменьшительной формой, и от неё уже шла фамилия. Поэтому Самунин — не редкий случай, а типовая модель: от Самуня — Самунин, как от Петруня — Петрунин, от Ваня — Ванин.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России — Вологодской, Архангельской, Костромской. В этих краях имя Самуил было более употребительно, чем на юге. В переписях XIX века Самунины встречаются среди государственных крестьян и мещан, реже — в купеческих родах. Дворянских ветвей с такой фамилией практически нет, что указывает на её простонародное происхождение.

Любопытная деталь: в некоторых говорах имя Самуил произносили как Самойло, отсюда фамилия Самойлов — более распространённая. Самунин же сохранил более близкую к церковному источнику форму, но с тем же уменьшительным суффиксом. Так что при всех различиях в звучании обе фамилии стоят на одном корне.