Фамилия Самунов — редкая и неочевидная. Первое, что бросается в глаза: в ней нет суффикса -ин (как в фамилиях от основ на -а/-я), а стоит -ов. Это значит, что основа, от которой образована фамилия, скорее всего, оканчивалась на твёрдый согласный. Если бы предка звали Самуня или Самуна, мы бы получили Самунин. Раз мы видим Самунов, исходное имя или прозвище звучало как Самун.

Самое вероятное объяснение — это усечённая форма крестильного имени Самуил. В русской народной традиции имена часто «съёживались»: Самуил превращался в Саму́ню, а от той формы, в свою очередь, отпадала гласная — получалось Самун. Такой путь словообразования типичен для Северной Руси и Поволжья, где любили укорачивать имена, а потом добавлять фамильный суффикс -ов. То есть Самунов — буквально «сын Самуна», а Самун — домашнее, обиходное имя для Самуила.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках есть основа «самун» со значением «чёрный», «смуглый» или «тёмный». Фамилия могла возникнуть в среде, где русские и тюркские традиции смешивались — например, у казаков, татар-мишарей или на южных окраинах государства. Однако для русского ономастикона это маргинальная гипотеза: фамилия Самунов не фиксируется как массовая в татарских или башкирских списках.

Географически фамилия встречается точечно. Наиболее заметный след — в документах по Забайкалью и Восточной Сибири. Там, среди казаков и крестьян-переселенцев, фамилии на -ов от сокращённых имён были нормой. Если ваш предок — сибиряк, то версия с Самуилом почти стопроцентная.

Сравните с однокоренными: Самсонов (от полной формы имени), Самуйлов (от прямого произношения), Самулин (от Самуля). Самунов стоит в этом ряду особняком — как самый сжатый вариант. В нём нет ни уменьшительно-ласкательного суффикса, ни дополнительных примет; фамилия звучит сухо и коротко, что намекает на её бытовое, нецерковное происхождение.