Фамилия Самунина — редкий пример, где женская форма закрепилась в качестве основной. В русской традиции фамилии на -ин обычно мужские (Самунин), а женские оканчиваются на -а. Но здесь мы имеем дело с архаичной моделью: фамилия могла образоваться от прозвища или имени матери напрямую, без посредства мужа. То есть предок по женской линии — вдова или незамужняя женщина, чьё прозвище или имя стало родовым для детей. Такое случалось в северных и сибирских говорах, где патронимическая система работала гибче.

Корень «Самун-» восходит к крестильному имени Самуил (древнееврейское «услышанный Богом»). В народной речи имя часто усекали: Самойло, Самоня, а в диалектах — Самун. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Самунин, то есть сын или дочь Самуна. Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «самунить» (ворчать, брюзжать) или прозвищем Самуня для капризного человека. Однако имя Самуил как основа встречается чаще и надёжнее.

Фамилия географически привязана к центральным и северным областям России, где имя Самуил было распространено среди крестьян. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне Самунины в Вологодской и Костромской губерниях. Сословно — почти всегда крестьянство: фамилию носили люди, чей предок получил её от отца или матери по имени Самун.

С точки зрения словообразования, Самунина стоит в ряду таких же «материнских» фамилий, как Марьина, Дарьина, Татьянина. Но если те образованы от имён, популярных у дворянок, то Самунина — крестьянская, от просторечной формы библейского имени. Это редкий случай, когда женская форма фамилии сохранила память о конкретной женщине-родоначальнице.