Фамилия Самунджян — армянская, и её история уходит корнями в систему родовых имён, которые армяне называют «азганун», что означает имя клана. В прошлом, когда в одном селении жило несколько людей с одинаковыми именами, их различали по происхождению или отличительным чертам: например, «Ашот — внук Зураба» или «хромой Ашот». Так и фамилия Самунджян первоначально указывала на принадлежность к конкретному роду.

Существует две основные версии происхождения этой фамилии. По первой, она восходит к армянскому мужскому имени Самунджи, которое имеет санскритскую основу и переводится как «святой человек». Родители могли наречь сына таким именем в надежде, что он вырастет добропорядочным и богобоязненным человеком. Имя закрепилось за родом, и потомки стали носить фамилию, указывающую на их связь с этим предком.

Вторая гипотеза связывает фамилию с прозвищем Самунджи, которое, предположительно, образовалось от арабо-персидского слова «самун» и тюркского аффикса –джи. В тюркских языках этот аффикс обозначает «лицо по профессии», а «самун» в арабских странах — это хлеб. Таким образом, прозвище Самунджи могло относиться к «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности: основатель фамилии вполне мог быть пекарем.

Обе версии сходятся в главном: фамилия Самунджян изначально означала «из рода Самунджи». Формант -ян, как и другие подобные окончания в армянских фамилиях, указывает на принадлежность к семье или клану, поэтому всё имя в целом отвечало на вопрос «из чьих вы будете?».

Среди известных носителей фамилии — современный художник Карен Рафаэлович Самунджян (род. 1967), автор полотен «Прощание», «Душа», «Музыкант», «Отверженный». Его работы продолжают традицию армянской живописи, сочетая лирическое начало с глубоким психологизмом.