Фамилия Сеньчугова образована от личного имени или прозвища Сеньчуг — так в старину в народной среде называли человека, носившего одно из распространённых крестильных имён. Чаще всего Сеньчуг рассматривают как производную, «домашнюю» форму имени Симон. В переводе с древнееврейского Симон означает «внимающий», «слышащий бога». По преданию, святой Симон проповедовал учение Христово в Иудее, Египте и Ливии, за что его прозвали Кананитом, или Зилотом, что значит «ревнитель». Однако имя Сеньчуг могло принадлежать и человеку с другими крестильными именами — например, Авксентием (от греческого «возрастающий», «увеличивающийся») или Арсением («мужественный»). Такая многовариантность типична для народных форм: уменьшительные имена часто «прилипали» к разным каноническим именам, схожим по звучанию или употреблявшимся в одной местности.

Сама фамилия построена по стандартной для русских фамилий модели: к основе Сеньчуг добавили суффикс -ов, а затем и окончание -а, указывающее на женскую линию рода. Первоначально Сеньчугов — это «сын Сеньчуга», то есть потомок человека, носившего это имя или прозвище. Со временем форма закрепилась как наследственное родовое именование.

Стоит обратить внимание на редкость фамилии: она не относится к массовым, и это говорит о том, что род, скорее всего, имел локальное распространение. Представители фамилии Сеньчуговых встречаются в Памятных книгах. Так, в Книге памяти Республики Башкортостан упоминается Кузьма Григорьевич Сеньчугов, родившийся в 1889 году в селе Языково Благоварского района БАССР. Эта запись — ценное свидетельство того, что фамилия бытовала в крестьянской среде Поволжья и Приуралья, а её носители вели обычную сельскую жизнь, участвовали в событиях первой половины XX века. Само село Языково — старинное русское поселение в Башкирии, и появление там Сеньчуговых подтверждает миграционные пути русских крестьян на восток.

В написании фамилии возможны варианты: Сеньчугов и Сеньчугова — в зависимости от пола носителя. В документах XIX — начала XX века можно встретить и более раннюю форму Сеньчуговъ с твёрдым знаком на конце, что соответствует старой орфографии. Сама основа Сеньчуг звучит необычно для современного уха, но для русских говоров она естественна: уменьшительные имена с суффиксом -уг- (как Ванчуг, Сеньчуг) встречались в северных и центральных регионах, где любили «украшать» имена дополнительными окончаниями для ласкового или просторечного звучания.