Фамилия Сенекова — женская форма, а её мужской вариант, Сенеков, образован по стандартной восточнославянской модели с суффиксом -ов. Основа здесь — прозвище или нецерковное имя Сенек. Это уменьшительно-ласкательная форма от имени Сеня, которое, в свою очередь, является кратким вариантом нескольких крестильных имён: чаще всего от Арсений (греч. «мужественный»), реже — от Авксентий («растущий») или Ксенофонт («чужеземный голос»). В быту такие сокращения были обычны: Сеню, Сеньку, а затем и Сенека — так, с уменьшительным суффиксом -ек, могли называть ребёнка или младшего по возрасту родственника.

Однако есть и другая, более редкая версия, которую стоит рассмотреть. В южнорусских и украинских говорах слово «сенек» могло означать «сеновал» или «небольшой навес для сена». В этом случае прозвище Сенек давали крестьянину, который занимался заготовкой сена или жил рядом с сенным сараем. Эта версия менее вероятна для фамилии с суффиксом -ов, так как прозвища от названий построек чаще переходили в фамилии на -ин (Сенин). Но полностью исключать её нельзя — в отдельных регионах модель могла сработать и так.

Географически фамилия Сенеков (и Сенекова) встречается не повсеместно, а тяготеет к югу России — Ростовской, Волгоградской областям, а также к Краснодарскому краю. Это косвенно подтверждает связь с южнорусской диалектной лексикой. В центральных и северных областях фамилия почти не фиксируется, что делает её регионально окрашенной.

В целом, носитель фамилии Сенекова, скорее всего, потомок человека, которого в быту звали ласково Сенек — от имени Арсений. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что типично для прозвищных образований на -ов. В написании встречается редко, и её не стоит путать с более частыми Сенниковыми или Сениными — это самостоятельная, компактная фамилия с чёткой словообразовательной историей.