Фамилия Сенегина — женская форма, мужская — Сенегин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Сенега. Слово «сенега» в русских говорах имело два значения: так называли либо сено, либо сенную труху, мелкий корм. Прозвище могли дать человеку, который занимался заготовкой сена, торговал им или, напротив, был настолько худ и легок, что ассоциировался с сенной трухой. Вторая версия, менее очевидная, но возможная: «сенега» — искажённое «синега», то есть человек с синюшным оттенком кожи, но это уже область народной этимологии.

Модель образования простая: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Сенеги» или «дочь Сенеги». Такая модель типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчество на -ин закреплялось за потомками и переходило в фамилию. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от имён на твёрдый согласный (Пётр — Петров), -ин присоединялся к основам на -а, -я (Сенега — Сенегин).

Географически фамилия редкая. Встречается в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — то есть в зоне традиционного северного и северо-восточного русского быта, где сенокос был основой хозяйства. В этих краях прозвище Сенега могло быть не только личным, но и уличным, передававшимся по двору.

Однокоренные фамилии — Сенегов, Сенежкин, Сенников, Сенов. Но Сенегин стоит особняком: если Сенников явно указывает на торговца сеном или мастера по сенникам, то Сенегин — более личное, прозвищное образование, ближе к бытовой характеристике человека.

Сословная принадлежность не закреплена: Сенегины могли быть и крестьянами, и посадскими людьми. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия фиксируется в основном среди государственных крестьян Русского Севера, которые редко имели фамилии дворянского происхождения.