Фамилия Сунегина — женская форма фамилии Сунегин, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, которое легло в основу. Словообразовательная модель здесь стандартная: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Сунегин, то есть сын или потомок Сунеги). Основа «Сунег-» — вот что требует разбора.

Наиболее вероятная версия: фамилия восходит к прозвищу Сунега. В русских говорах, особенно северных и уральских, слово «сунега» могло означать «суетливый, непоседливый человек» или, по другой версии, «тот, кто суёт нос не в своё дело». Корень здесь — «су-» (приставка со значением совместности или движения) и «нег-», родственный глаголу «нежить»? Скорее нет. Более правдоподобна связь с диалектным «сунуть» — то есть прозвище дали человеку, который постоянно вмешивался, совался куда не просят. В говорах Вологодчины и Архангельской области слово «сунега» фиксировалось в значении «непоседа» или «навязчивый человек». Фамилия, таким образом, могла возникнуть как характеристика поведения предка.

Менее распространённая, но тоже возможная гипотеза: основа связана с рекой Сунега (притоком Волхова в Новгородской области) или с топонимом Сунега (населённый пункт). Тогда фамилия — по месту жительства: «сунегин» — выходец с Сунеги. Однако топонимическая версия слабее, потому что фамилия встречается не только на Северо-Западе, но и в Поволжье, что указывает скорее на прозвищное происхождение.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования на -ега (как Сунега, Шунега) отнесены к редким диалектным моделям, характерным для севернорусской ономастики. Фамилия Сунегин/Сунегина не принадлежала к дворянским или крестьянским «гнездам» — она равномерно рассеяна по средней полосе и Северу, чаще всего встречается в Тверской, Ярославской и Нижегородской областях. Носительница фамилии может быть потомком человека, которого в XVI–XVII веках прозвали Сунегой за его характер, или же предки жили на берегу одноимённой реки. Однозначного ответа здесь нет, но прозвищная версия выглядит убедительнее.