Скорее всего, фамилия Сенекина образована от имени Сенека (Сенейка), которое является уменьшительной формой имен Авксентий (в переводе с греческого означает «возрастающий, увеличивающийся»), Арсентий (от греческого «мужественный») или Семен (от древнееврейского «услышанный Богом»). Одним из покровителей последнего имени считается Симеон Богоприимец, праведный старец, живший в Иерусалиме. Скорее всего, основатель рода Сенекиных был человеком из простого сословия. Менее вероятно, что фамилия Сенекина является искусственной и восходит к имени античного философа Сенеки. Такая фамилия могла возникнуть в среде духовной семинарии.