Фамилия Сенекина происходит от старинного русского имени Сенека, которое в быту звучало как Сенейка. Это не самостоятельное имя, а уменьшительная форма, которую использовали для нескольких полных крестильных имен: Авксентий (с греческого — «возрастающий»), Арсентий (от греческого «мужественный») и Семен (с древнееврейского — «услышанный Богом»). Такой способ образования типичен для русских фамилий: от того, как человека звали в семье и на улице, а не в церкви, и закреплялось родовое прозвание.

Судя по модели, основатель рода был человеком простого сословия. Фамилии на -ин образуются от слов, оканчивающихся на -а или -я, и здесь мы видим именно такой случай: Сенека → Сенекин → Сенекина. Если у имени Сенейка был суффикс уменьшительности, то в фамилии он уже стал частью основы, а родовое окончание добавилось к нему.

Менее вероятно, что эта фамилия искусственная и восходит к имени римского философа Луция Аннея Сенеки. Такие «интеллигентские» фамилии могли давать в духовных семинариях, но для этого чаще брали полную форму — Сенекин звучит слишком по-домашнему для книжного происхождения. Проще предположить, что перед нами естественная народная фамилия, возникшая в крестьянской или посадской среде.

Интересно, что имя Сенека встречалось не только как уменьшительное. В новгородских и псковских землях его могли использовать самостоятельно, как прозвище, закреплявшееся за человеком. Но в контексте фамилии Сенекина надежнее держаться версии с уменьшительной формой канонических имен — она объясняет и звучание, и распространенность.

Покровителем имени Семен считают Симеона Богоприимца, праведного старца из Иерусалима, который, по преданию, взял на руки младенца Христа в храме. Если фамилия восходит именно к Семену, то за ней стоит не только бытовое имя, но и память об этом святом. Однако точно сказать, какое из трех имен легло в основу конкретной семьи, уже невозможно — слишком давно произошло закрепление фамилии.

Сегодня фамилия Сенекина встречается нечасто, но она сохранила архаичную форму, которая хорошо показывает, как в русском языке из живого уменьшительного имени вырастала устойчивая родовая передача.