Фамилия Себекина хранит в себе сразу две загадки — и обе ведут в разные стороны. Первая версия связывает её с морем, вторая — со степью. Начнём с первой, более распространённой.

Скорее всего, Себекина — это фонетический вариант фамилии Шебекина. Звук «ш» в некоторых говорах смягчался или заменялся на «с», что и дало современное написание. В основе лежит прозвище Шебека, родственное нарицательному «шебека» — небольшому трёхмачтовому торговому судну. Во второй половине XVIII века в России так стали называть и гребное военное судно, которое ввели в состав флота для замены галер. Шебека ходила в прибрежных районах, была маневренной и быстрой. Если предок носил такое прозвище, он мог быть судостроителем, моряком или купцом, торговавшим на таких кораблях. Прозвище по роду занятий — типичный источник русских фамилий, так что эта гипотеза выглядит правдоподобно.

Есть и другая версия, менее очевидная. Она возводит основу к прозвищу Себек, которое мог получить представитель казахского племени себек. Эта гипотеза слабее: она не объясняет, как степное племенное имя попало в русскую фамилию с типичным русским суффиксом -ин, но полностью исключать её нельзя — в пограничных регионах такие контакты случались.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Себекин — сын или человек Себеки. По правилам русского языка суффикс -ов присоединяется к словам мужского рода, а -ин — к основам на -а или -я. Но здесь мы видим исключение, похожее на историю с фамилией Розов: от нарицательного «роза» образовалась фамилия Розов, хотя по правилам ожидался бы Розин. Так и с Себекиным — народная традиция часто обходила строгие грамматические нормы, и фамилия закрепилась в том виде, в котором её произносили.

Сведения о носителях фамилии встречаются в архивных документах. В Книге памяти Смоленской области записан Себекин Александр Иванович, родившийся в 1906 году в городе Вязьма. В Книге памяти Калужской области — Себекин Алексей Яковлевич, родившийся в 1879 году в Брянской области, Рогнединском районе, в посёлке Себекиных. Само существование посёлка с таким названием говорит о том, что фамилия была распространена в этих местах и закрепилась в топонимике — это редкая удача для исследователя семейной истории.