Фамилия Себейкина — женская форма, а мужская — Себейкин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Себейка, которое, скорее всего, образовано от глагола «себекать». В русских говорах, особенно северных и вологодских, «себекать» означало «говорить с собой, бормотать, ворчать», а также «упрямиться, делать по-своему». Человека, который постоянно твердил «себе, себе» или действовал наперекор другим, могли прозвать Себейкой. Суффикс -ейк- в прозвище носит уменьшительно-пренебрежительный оттенок, типичный для бытовой речи.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: сначала появилось прозвище Себейка, затем от него — отчество «Себейкин сын», которое со временем закрепилось как фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Себейкин», то есть сын или потомок Себейки. Это одна из самых распространённых моделей в северных и центральных регионах России.

Географически фамилия Себейкина тяготеет к Вологодской области и соседним территориям. В переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян с таким прозвищем в Тотемском и Устюжском уездах. Встречается она и в Костромской губернии. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано — носители были либо крестьянами, либо посадскими людьми.

Интересная деталь: в некоторых говорах глагол «себекать» имел и второе значение — «жадничать, скупиться». Поэтому не исключено, что прозвище Себейка мог получить человек прижимистый, склонный всё «себе» забирать. Однако первое значение — «ворчун» или «упрямец» — встречается в диалектных словарях чаще и считается основным.

Фамилия редкая, не входит в списки самых распространённых русских фамилий. Её уникальность в том, что она сохранила почти забытый диалектный глагол, который сегодня услышишь разве что в глухих деревнях.