Фамилия Себекин образована по древней и очень распространённой у славян модели: к основе, в роли которой выступало личное прозвище или имя, добавлялся суффикс принадлежности. В данном случае это суффикс -ин, который указывает на «сына такого-то» или «человека из семьи такого-то». Именования, построенные по этому же принципу, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян, что говорит о древности самого способа словообразования.

Основа фамилии — Себека. Это, скорее всего, нецерковное прозвище. Славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого), и здесь мы имеем дело с прозвищным именем. Что оно могло значить? Наиболее правдоподобная версия связывает его с глаголом «себекать» — в некоторых русских говорах так говорили о человеке, который говорит «себе», то есть вполголоса, невнятно, бормочет или размышляет вслух. Так могли прозвать задумчивого, немногословного или, наоборот, постоянно бормочущего что-то под нос человека.

Есть и другая, менее очевидная трактовка. В тех же народных говорах слово «себека» могло означать эгоиста, того, кто тянет всё на себя, живёт «для себя». Однако эта версия выглядит слабее: прозвища с таким оттенком обычно образовывались от более прямых и грубых корней. Поэтому версия с «бормотанием» или «думанием вслух» кажется предпочтительнее. Впрочем, не исключено, что в основе лежит и просторечная форма какого-либо крестильного имени, например Севастьян или Семён, которую на слух переделали в ласкательное Себека.

Суффикс -ин чётко указывает на принадлежность: Себекин — это «сын Себеки». Такая модель была особенно характерна для северных и центральных русских земель, где фамилии на -ин по частоте почти не уступали более привычным фамилиям на -ов. Таким образом, предок носителей этой фамилии был человеком с прозвищем Себека, а его дети и внуки стали писаться Себекиными, закрепив это именование за своим родом.