Фамилия Себякин в большинстве случаев восходит к названию реки Себяки, протекающей в Эвенкийском автономном округе. Основатель рода Себякиных, вероятнее всего, был выходцем с её берегов, и фамилия закрепилась за ним как указание на место прежнего жительства. Такая модель образования фамилий от гидронимов встречается повсеместно: переселенцы, покидая родные места, получали прозвище по реке или озеру, у которых выросли.

Менее убедительна версия, связывающая основу с местоимением «себя». Если следовать этой гипотезе, прозвище Себяка мог получить человек эгоистичный, самовлюблённый, думающий только о себе. Подобные прозвища действительно существовали в русской деревне, но их следы в фамилиях встречаются реже, чем топонимические основы. К тому же суффикс -як- в данном случае охотнее работает с географическими названиями, чем с местоимениями, хотя полностью исключать такую возможность нельзя.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: основа Себяк- (от названия реки или от прозвища) плюс типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Первоначально форма Себякин означала «сын Себяки», а затем закрепилась как наследственная фамилия. В этом отношении она ничем не отличается от тысяч других русских фамилий, образованных от личных прозвищ и имён.

Сама река Себяка — небольшая сибирская река, и это накладывает отпечаток на географию фамилии. Если версия о гидрониме верна, то предки Себякиных жили в суровом краю, где основными занятиями были охота, рыболовство и оленеводство. Переселившись в более обжитые места, они сохранили в фамилии память о далёкой родине, что типично для сибирских фамилий, разошедшихся по всей России в XIX–XX веках.

Написание фамилии устойчиво, вариантов вроде Себяков или Себякинский не зафиксировано, что говорит о позднем и единичном её возникновении. Встречаемость фамилии невысокая, что тоже косвенно подтверждает версию о происхождении от конкретного географического объекта, а не от широко распространённого прозвища.