Фамилия Себейкины — редкий случай, когда стоит начать не с корня, а с суффикса. Она образована по архаичной модели на -ин, которая в русской ономастике закрепилась за фамилиями от основ на -а, -я. Но здесь основа не женского имени, а прозвища или имени в краткой форме.

Корень — Себейк-. Самая правдоподобная версия: в его основе лежит каноническое имя Савва (от арамейского «старец, дед»). В народном произношении имя могло звучать как Саввей, а через чередование согласных «в/б» и редукцию гласных превратиться в Себей. Суффикс -к- в таких фамилиях (ср. Саввейка → Саввейкин) часто указывает на уничижительную или уменьшительную форму, характерную для бытового обихода XVI–XVII веков. То есть Себейка — это «маленький Савва» или «Савва, которого зовут попросту».

Менее вероятная, но возможная версия: прозвище Себей могло быть связано с диалектным глаголом «себеить» (присваивать, брать себе) или с тюркским корнем, означающим «любимый, милый» (ср. тат. «сөю» — любить). Однако для центральных русских регионов, где фамилия встречается чаще всего, первая версия с именем Савва выглядит убедительнее.

Фамилия недворянская. Себейкины — почти наверняка потомки крестьян или посадских людей. Модель на -ин с основой на -к- типична для северных и центральных областей России, а также для Поволжья. В документах XIX века носители фамилии фиксировались в основном как государственные крестьяне — то есть лично свободные, но приписанные к податному сословию.

Обратите внимание на написание: фамилия пишется через е, а не через ё или и. В старых метрических книгах могла встречаться форма Себейкины с двойным «и» на конце (старая орфография), но корень оставался неизменным. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Себéйкины.