Фамилия Себейкин образована от прозвища или имени Себейка через патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («сын Себейки»). Основа фамилии — разговорная форма крестильного имени Севастьян. В русской народной среде имя Севастьян, восходящее к греческому sebastos («почтенный», «священный»), часто сокращали и переиначивали: Сева, Севастьянка, а в некоторых говорах — Себейка. Вариант с «б» вместо «в» — не ошибка, а типичное для диалектов явление: звук [в] перед гласным мог озвончаться или заменяться под влиянием местного произношения (ср. «Сабейка» у южных славян). Таким образом, Себейкин — это «внук» или «потомок» Себейки, то есть человека, которого в обиходе звали уменьшительно от Севастьяна.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «себей» (вариант «себи» — «любимый», «дорогой»). В этом случае Себейка могло быть прозвищем, данным ребенку в русско-тюркском пограничье (например, в рязанских или казанских землях). Однако против этой гипотезы говорит отсутствие массовых следов фамилии в Поволжье — основная масса носителей фамилии Себейкин исторически сосредоточена в центральных и северных областях России: в Костромской, Вологодской, Ярославской губерниях. Именно там имя Севастьян было особенно популярно среди крестьян и посадских людей, что подтверждается переписными книгами XVII века.

Суффикс -ин в фамилии указывает на то, что предок носителя фамилии был человеком незнатного происхождения: в среде крестьян и мещан патронимы на -ин (от основ на -а, -я) были нормой, в отличие от дворянских фамилий на -ов. Себейкины, скорее всего, происходят из среды черносошных крестьян или ремесленников. Интересно, что фамилия сохранила редкий для русской ономастики звуковой переход «в» в «б», что делает её своеобразным маркером говора тех мест, где жили первые носители. В современных справочниках фамилия встречается нечасто, но не исчезла — это говорит о том, что родословная ветвь оказалась достаточно устойчивой, не растворившись в более массовых фамилиях вроде Севастьянов или Севастьянович.