Фамилия Сеничкин образована от производной формы Сеничка, которая восходит к крестильному имени Семен. Каноническая форма этого имени — Симеон, а в переводе с древнееврейского оно означает «услышанный Богом в молитве». Имя Семен долгое время оставалось одним из самых частых в русском быту, поэтому и его уменьшительных форм накопилось множество: Сема, Сеня, Сенява, Сеничка. Именно последняя, с ласкательным суффиксом -ичк-, и легла в основу фамилии.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: к основе Сеничк- добавили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Буквально Сеничкин означает «сын Сенички», то есть потомок человека, которого в семье и среди соседей звали ласково Сеничкой. Такая модель с двойным уменьшительным суффиксом встречается реже, чем фамилии от более простых форм вроде Сенин или Семенов, и это придает Сеничкиным узнаваемый оттенок: фамилия звучит теплее и словно сохраняет домашнюю интонацию, с которой когда-то окликали предка.

По типу образования Сеничкин — типичная русская фамилия, закрепившаяся за крестьянскими и мещанскими родами. В документах она фиксируется с XVII–XVIII веков, когда фамилии на -ин активно вытесняли отчества в повседневном обиходе. География бытования широкая, но чаще всего Сеничкины встречаются в Поволжье и центральных областях России, что косвенно указывает на массовое распространение имени Семен именно в этих регионах.

Иногда основу фамилии пытаются связать с диалектным словом «сеня» — так в некоторых говорах называли ленивого или сонного человека. Однако эта версия слабая: форма Сеничка органично выводится из уменьшительных вариантов имени Семен, а прозвищное значение не подтверждается устойчивым употреблением. Гораздо правдоподобнее видеть здесь именно имя, тем более что в старинных переписях Сеничка встречается как самостоятельная обиходная форма наравне с Сеней.