Фамилия Сепьев — редкий случай, когда основа не очевидна, а суффикс указывает на географию. Окончание -ев, а не -ов, подсказывает, что в основе лежит слово или имя, оканчивающееся на мягкий согласный или на -й. В фамилиях на -ев ударение часто падает на основу, и здесь оно закономерно падает на первый слог: Се́пьев.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища или имени Сепей. Что могло означать это слово? В русских говорах «сеп» или «сепь» — редкое, но фиксируемое название для закрома, отделения в амбаре для зерна, а также для плетёной корзины или мережи (рыболовной снасти из прутьев). Человек, которого прозвали Сепей, мог быть либо крестьянином, ведавшим хранением урожая, либо рыбаком, делавшим или ставившим такие снасти. Вторая, менее очевидная версия — от календарного имени, но подходящего святого с таким корнем в православных святцах нет, поэтому бытовое прозвище выглядит убедительнее.

Обратите внимание на редкую модель: фамилия образована напрямую от прозвища без промежуточного отчества. Обычно сначала появлялось отчество (Сепьев сын), а потом оно закреплялось как фамилия. Но здесь суффикс -ев присоединён к основе Сепь-, а не к полной форме Сепей. Это говорит о том, что прозвище в быту сократили до «Сепь», и именно от этой краткой формы пошла фамилия. Такая модель встречается в северных и центральных областях России, где говор был более скор на усечение окончаний.

Географически фамилия крайне редкая. Встречается в основном на севере европейской части России — в Архангельской и Вологодской областях, а также в Удмуртии. Последнее объяснимо: в удмуртском языке есть слово «сеп» — «желчь» или «злость», и фамилия могла возникнуть независимо у местного населения как прозвище человека с крутым нравом. Так что у Сепьевых может быть два совершенно разных корня — русский хозяйственный и финно-угорский характерологический.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская. Фамилии на -ев без дворянского суффикса -ский и без церковной окраски типичны для сельских жителей. В дореволюционных метрических книгах Сепьевы, если они там есть, записаны как государственные или помещичьи крестьяне.