Фамилия Сепов — редкая и неочевидная для русского уха. На первый взгляд в ней слышится что-то иноязычное, но при разборе по составу всё оказывается в рамках привычной модели: основа «Сеп-» и патронимический суффикс «-ов». Значит, в основе лежало личное имя или прозвище первого носителя — Сеп.

Самый вероятный источник — краткая форма крестильного имени Сепан. Это народная, диалектная переделка канонического имени Степан (от греч. stephanos — «венок»). В русских говорах звук «т» перед «е» нередко выпадал или переходил в другой: Степан > Сепан. Отсюда — уменьшительное Сеп, как Ваня от Иван, Петя от Пётр. По этой модели фамилия Сепов означает «сын Сепа» и по смыслу ничем не отличается от Степановых, Степанова или Степанищева.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с этнонимом «сепы», так на Руси иногда называли представителей финно-угорского племени сету (сето), жившего на границе Псковской губернии и Эстонии. В псковских говорах «сеп» могло быть прозвищем пришлого человека из этих краёв. Однако эта гипотеза слабее: фамилия Сепов не показывает географической привязки к Псковщине, а суффикс «-ов» типичен для центральных и северных регионов, а не для запада.

Интересная деталь: фамилия Сепов встречается в основном в двух кластерах — в Поволжье (особенно в Татарстане и Самарской области) и в Сибири (Кемеровская область, Алтай). Это не случайно. В Поволжье Степан было одним из самых популярных имён среди русских крестьян, и местные говоры давали множество сокращений. В Сибирь же фамилию занесли переселенцы XIX — начала XX века. Таким образом, Сепов — это по сути «степановская» фамилия, но записанная в местном, разговорном варианте.

Сравните с однокоренными: Сепин (от Сепа через суффикс «-ин»), Сепаненко (украинская форма), Сепкин. Все они восходят к тому же корню и подтверждают, что Сеп — не единичное прозвище, а полноценное производное имя, бытовавшее в народе.