Фамилия Сепп образована от аналогичного прозвища, которое, в свою очередь, произошло от эстонского слова sepp, что означает «кузнец». Таким образом, можно предположить, что это прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности предка.