Фамилия Сепоян — редкий пример армянской фамилии, которая почти не встречается за пределами исторической Армении и диаспоры. Её окончание -ян — это типичный армянский патронимический суффикс, который образует фамилии со значением «потомок» или «принадлежащий роду». Корень же — Сепо — требует отдельного разбора, и здесь есть несколько версий, ни одна из которых не является бесспорной.

Самая вероятная гипотеза связывает основу с армянским именем Сеп (Սեպ) или его уменьшительной формой Сепо. В древнеармянском «сеп» означало «порода», «род», «племя». Таким образом, Сепоян могло изначально означать «потомок Сепа» — человека, которого прозвали по принадлежности к определённому роду или по его родовитости. Менее распространённая версия возводит корень к слову «сеп» в значении «клин» или «заострённый предмет» — в этом случае прозвище могло относиться к ремеслу плотника, кузнеца или оружейника, но такое толкование для личного имени менее типично.

В армянской ономастике фамилии на -ян часто образовывались от крестильных имён, но здесь мы видим именно прозвищную или даже мирскую основу. С точки зрения географии, фамилия Сепоян распространена в основном среди армян, исторически связанных с Западной Арменией (территория современной Турции) и, после геноцида 1915 года, — в диаспорах Сирии, Ливана, а позже — России и США. В самой Армении фамилия встречается, но не входит в число массовых.

Словообразовательная модель проста: корень Сепо + суффикс -ян. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Сепоя́н, что характерно для многих армянских фамилий. Интересная деталь: в русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и склоняется по правилам женского рода, если носитель — женщина. Сам корень «сеп» в современном армянском языке сохранился в значении «порода» или «клин», но как самостоятельное имя почти не употребляется, что делает фамилию Сепоян своеобразным лингвистическим «артефактом» — она сохранила то, что вышло из живого обихода.