Фамилия Сепян — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В русском ономастиконе она не встречается в числе распространённых, и её корень, скорее всего, не славянский, а заимствованный. Основная версия связывает фамилию с армянским или тюркским влиянием, что типично для фамилий, оканчивающихся на -ян.

Суффикс -ян — классический патронимический показатель в армянской фамильной системе, означающий «принадлежащий к роду» или «сын такого-то». Если фамилия Сепян армянская, её основа восходит к имени Сеп (Сэп) — краткой форме от Сепан, Сепет или Сепух. В армянском языке «сеп» может означать «чистый», «благородный» или «родовитый». Таким образом, Сепян — «потомок благородного» или «из рода Сепа».

Однако возможна и тюркская версия. В тюркских языках (например, в турецком или татарском) есть слово «sepi» — «дубление кожи», «выделка». Прозвище Сеп могли дать кожевнику или мастеру по обработке шкур. В таком случае фамилия образована по русской модели с суффиксом -ян (характерным для южнорусских и казачьих регионов, где смешивались славянские и тюркские элементы). Но эта гипотеза слабее: суффикс -ян в русских фамилиях обычно указывает на «сына» (как в фамилиях Донян, Козян), а не на профессию.

Географически фамилия Сепян встречается в основном на Северном Кавказе и в Закавказье, что подтверждает её армянские корни. В центральной России она почти неизвестна. Сословной привязки нет: носители могли быть и крестьянами, и ремесленниками, и купцами — исходное имя не указывает на социальный статус.

Однокоренные фамилии — Сепов, Сепин, Сепянц — встречаются ещё реже. Если Сепян — русская фамилия, то её основа могла быть прозвищем от диалектного «сеп» (запор, засов) или от глагола «сепить» (цеплять, задевать), но это маловероятно из-за отсутствия такой лексики в письменных источниках. Наиболее правдоподобная версия — армянское происхождение с корнем «сеп» в значении «чистый, благородный».