Фамилия Септарова — женская форма от Септаров, и её разумнее всего рассматривать в мужском варианте, так как именно он указывает на происхождение. Основа фамилии — Септар — звучит нехарактерно для исконно русских имён и прозвищ. Скорее всего, мы имеем дело с фамилией тюркского или иранского происхождения, распространённой у народов Кавказа, Поволжья или Средней Азии.

Наиболее вероятная версия возводит корень к персидскому или тюркскому слову «септар» (или «сиптар»), которое означает «всадник», «наездник» или «конный воин». В таком случае Септаров — потомок человека, который был искусным наездником, служил в коннице или имел отношение к лошадям. Это прозвище могли дать профессиональному воину, конюху или просто человеку, чья жизнь была тесно связана с верховой ездой.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с арабским именем Сифтар (от араб. «сифр» — ноль, пустота; в переносном смысле — «чистый», «незапятнанный»). Однако такое имя встречается редко, и фамилия от него образовалась бы скорее как Сифтаров. Также нельзя исключать, что в основе лежит географическое название — селение Септар (например, в Дагестане или Азербайджане). Тогда фамилия указывает на выходца из этого места.

Суффикс -ов/-ев указывает на патронимическую модель: «чей?» — Септаров, то есть сын Септара. Фамилия не имеет дворянского или крестьянского окраса — она просто фиксирует личное прозвище или имя предка. Встречается она преимущественно среди татар, азербайджанцев, кумыков и других тюркоязычных народов, а также у осетин, где персидские заимствования традиционны. В русской среде фамилия редка и могла появиться в результате межнациональных браков или миграции.