Фамилия Серкибаева — редкий случай, когда основа явно тюркская, а русский суффикс указывает на женскую форму. В русской традиции фамилии на -аева (как и -ова, -ева) — это стандартное окончание для женщин, образованное от мужской фамилии Серкибаев. Поэтому, чтобы понять корни, нужно разобрать мужской вариант — Серкибаев.

Мужская фамилия Серкибаев строится по самой распространённой в русском языке модели: к основе (тюркскому личному имени или прозвищу) добавляется суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после мягких и шипящих). Эта модель типична для фамилий, которые возникли в среде крещёных татар, башкир, казахов и других тюркских народов, вошедших в состав Российской империи.

Основа фамилии — «Серкибай». Это составное имя, типичное для казахской и, шире, тюркской антропонимии. Первая часть — «серке» (в тюркских языках — «козёл», «вожак стада», а в переносном смысле — «упрямый», «строптивый» или «предводитель»). Вторая часть — «бай» (богатый, хозяин, господин). Таким образом, имя Серкибай можно перевести как «богатый, как вожак» или «упрямый богач». В доисламских и раннеисламских тюркских именах «бай» часто служило пожеланием богатства и статуса, а первая часть задавала характерную черту. Имя Серкибай не было каноническим мусульманским, а бытовало в народной среде, что указывает на глубокие родовые корни.

Географически фамилия Серкибаева (и Серкибаев) почти наверняка имеет казахское происхождение. В Казахстане имя Серкибай встречается в исторических родословных, особенно в южных и западных регионах. Встречаемость фамилии в России крайне низкая, что подтверждает её привязку к конкретному региону — скорее всего, к Западному Казахстану или приграничным областям РФ (Астраханская, Оренбургская), где historically проживают казахи.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Серкибаев — потомки скотоводов или кочевников. Имя «Серке» (козёл) прямо отсылает к животноводству, а «бай» — к зажиточности. Это не фамилия аристократии (султанов или ходжей), а родовое именование зажиточного или уважаемого скотовода. Фамилия закрепилась в XIX веке, когда при переписях и введении метрических книг русские чиновники записывали тюркские имена по отчеству с русским окончанием. В женском варианте Серкибаева фамилия сохранилась без изменений, как и у большинства тюркских фамилий, адаптированных русской грамматикой.