Фамилия Сеценко звучит как типично украинская, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он обозначал «сына» или «потомка»: Сеценко — буквально «сын Сеца» или «маленький Сец». Такие фамилии массово закрепились в Левобережной и Слободской Украине в XVI–XVII веках, а позже распространились на юг России и Кубань.

Куда сложнее с основой Сец-. Здесь нет прямого и очевидного значения, поэтому приходится выбирать между несколькими версиями. Самая вероятная — что в основе лежит прозвище Сеч или уменьшительное Сечко. В украинском языке «січ» — это рубка, сеча, а также известная Запорожская Сечь. Прозвище могло принадлежать человеку резкому, рубящему сплеча, или же тому, кто имел отношение к казацкому войску. Звук «ч» в разговорной речи мог смягчиться до «ц» (так называемое цоканье, характерное для некоторых говоров), и Сечко превратилось в Сецко, а оттуда — в фамилию Сеценко.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с крестильным именем Сергий (в народной форме Серьга или Серко). От «Серко» через диалектные изменения могли получить «Се(р)ценко». Однако это требует дополнительных фонетических допущений, поэтому версия с прозвищем от «сечь» выглядит предпочтительнее.

Однокоренные фамилии — Сечко, Сеченко, Сечков — встречаются в Черниговской, Полтавской и Сумской областях, что подтверждает северное и центральное происхождение. Носители фамилии Сеценко, скорее всего, потомки казаков или крестьян из этих регионов, получившие фамилию по прозвищу предка. Фамилия не дворянская и не книжная — она выросла из живого общения и быта.