Фамилия Сейфатов — редкий пример, когда основа ясна, а путь её появления в русской среде требует догадки. В её сердцевине лежит арабское имя Сейфат, которое восходит к корню «сайф» — «меч». В мусульманском именослове это имя имеет отчётливую семантику: «острый как меч», «подобный мечу», а иногда трактуется и как «защитник». Таким образом, Сейфатов — буквально «сын того, кто как меч» или «потомок Сейфата».

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий тюркского и кавказского происхождения: к восточному имени добавили русский патронимический суффикс -ов. Если бы фамилия закрепилась в форме Сейфат (без суффикса), она бы осталась в статусе прозвища или имени. Прибавление -ов «обрусело» её, то есть носители уже жили среди русского населения и оформляли фамилию по стандартам Российской империи.

Географически Сейфатовы, скорее всего, происходят из регионов, где ислам был традиционной религией — из Поволжья (татары, башкиры), с Северного Кавказа (кумыки, ногайцы) или из Средней Азии. Фамилия встречается, но не массово, что указывает на её образование от конкретного, не самого распространённого имени. В отличие от, скажем, Сайфутдиновых (где основа — «сайф ад-дин» — «меч веры»), Сейфатов — более простая и прямая форма, без религиозного компонента.

Есть и менее вероятная версия: что Сейфат — это не имя, а прозвище мастера-оружейника, делавшего мечи. Но в ономастике принято исходить из личного имени как первичного источника, тем более что имя Сейфат реально зафиксировано у ряда народов. Социальный статус первых носителей мог быть любым — от крестьянина до служилого татарина, но фамилия не дворянская, а народная, образованная по самой распространённой модели.