Фамилия Сейнароев — одна из тех, что сразу выдают кавказское происхождение, а точнее — чеченский или ингушский корень. Она образована по распространённой в вайнахских языках модели: к личному имени или прозвищу добавляется суффикс -ой (обозначающий принадлежность к роду, тейпу или местности), а затем русский патронимический суффикс -ев, который адаптировал фамилию к документам Российской империи. Основа здесь — Сейнар (Сайнар, Сейнари). Это имя, скорее всего, восходит к арабскому «Сайф ад-Дин» (меч веры), которое в местном произношении сократилось и видоизменилось. В чеченском языке звук «ф» часто переходит в «п», а «д» выпадает, так что «Сайф ад-Дин» могло дать формы вроде Сайпар, Сайнар, а затем и Сейнар.

Таким образом, Сейнароев буквально значит «сын Сейнара» или «из рода Сейнара». Носители этой фамилии почти наверняка относятся к одному из чеченских тейпов, где имя Сейнар было родовым. Точную географию бытования установить сложно, но такие фамилии традиционно распространены в горных районах Чечни и Ингушетии, а также в равнинных селах, куда переселялись тейпы в XIX веке.

Словообразовательная модель интересна тем, что в ней соединились два разных мира: местный суффикс принадлежности -ой и русский -ев, который добавили при записи в метрические книги или при советской паспортизации. В оригинале фамилия могла звучать как Сейнарой, без окончания -ев, но в официальных документах закрепился русифицированный вариант. Это типичная история для многих северокавказских фамилий, которые обрели современный вид в XIX—XX веках.

Других версий происхождения — тюркской или иранской — по этой фамилии нет, и они маловероятны, так как имя Сейнар не встречается в соседних тюркских или осетинских антропонимиконах. Фамилия редкая и локальная, её носители, скорее всего, происходят из одного корня, а не из разных родов. В открытых источниках сведений о знаменитых Сейнароевых нет, что только подтверждает её узкую родовую природу.