Фамилия Сейнов — редкая, но прозрачная по происхождению. Её основа — нецерковное мужское имя или прозвище Сейн. В русских говорах слово «сейный» означало «этот самый», «такой», но в основе фамилии скорее лежит краткая форма крестильного имени Симеон (в просторечии Семён). Усечение Сейн вместо Семён — не единственный случай: от Симеона образованы фамилии Сенин, Сёмин, Сейкин, а Сейнов стоит в том же ряду, что и Сейновский.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей сын?» — Сейнов). То есть первый носитель фамилии был сыном человека по имени Сейн. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с таким именем: например, в переписях Новгородской земли записан Сейнко Фёдоров, крестьянин 1495 года. Фамилия Сейнов могла закрепиться в тех же местах — на северо-западе Руси, в бывших новгородских пятинах.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским словом «сейн» — «богатый», «знатный». Но для русского прозвания это объяснение слабее: фамилия не встречается в татарских или башкирских родословных, а суффикс -ов у тюркских фамилий обычно присоединяется к другой основе. Поэтому надёжнее видеть в Сейнове потомка человека, которого в быту звали Сейн — сокращённо от Семён.

В советских телефонных справочниках и базах воинского учёта фамилия фиксируется в единичных экземплярах в Вологодской, Костромской и Кировской областях. Это подтверждает её севернорусские корни. Встречаемость низкая — на всю страну несколько сотен носителей, что делает фамилию локальной и редкой.