Фамилия Сейпианов — редкий случай в русском ономастиконе. Её происхождение напрямую связано с национальной и сословной историей Российской империи, а именно — с армянскими дворянскими родами, перешедшими на русскую службу.

В основе фамилии лежит армянское имя или прозвище Сейпиан (арм. Սեյպյան). Армянский суффикс -ян (или -иан) — это патронимический показатель, указывающий на принадлежность к роду, потомка. То есть Сейпианов — это не исконно русская модель (с суффиксом -ов), а русифицированная форма исходной армянской фамилии Сейпиан. Добавление окончания -ов произошло при адаптации фамилии в русскоязычной среде, чаще всего в документах или при переходе на государственную службу.

Корень «Сейп-» может восходить к армянскому слову «сейп» (սեյպ), что означает «господин», «владыка» или «князь». В некоторых диалектах это слово также могло обозначать «защитник» или «покровитель». Таким образом, фамилия Сейпианов могла изначально означать «потомок господина» или «потомок князя». Это указывает на возможное знатное происхождение носителей фамилии, которые могли принадлежать к армянскому дворянству (меликам или азатам).

В Российской империи армянские дворянские фамилии, особенно из Нагорного Карабаха и Восточной Армении, нередко русифицировались путём добавления окончания -ов. Носители фамилии Сейпианов, вероятно, были выходцами из армянских провинций, поступившими на военную или гражданскую службу. Географически фамилия встречается в основном на Северном Кавказе, в Ставропольском крае и в центральных регионах России, куда переселялись армянские дворяне.