Фамилия Сейтканова — женская форма мужской фамилии Сейтканов, и её ядро — имя Сейт, распространённое у тюркских народов. Чтобы понять происхождение, нужно смотреть на эту основу. Сейт — это тюркская адаптация арабского имени Саид (Сайид), что означает «господин», «вождь», «знатный человек». В исламской традиции так называли потомков пророка Мухаммеда, поэтому имя несло высокий социальный статус. В казахском, киргизском, башкирском и татарском языках форма Сейт встречается часто.

Второй элемент — «кан» — это не суффикс, а часть сложного имени. Во многих тюркских именах «кан» (хан) означает «правитель», «владыка». Таким образом, Сейткан — это двусоставное имя: «знатный господин» + «хан», то есть «знатный правитель» или «господин-хан». Такие составные имена типичны для кочевых культур, где в одном имени могли соединять религиозный и светский титулы.

Суффикс «-ов» в фамилии Сейтканов — русский патронимический формант, который присоединили к тюркскому имени при оформлении фамилий в XIX–XX веках, особенно у народов, вошедших в состав Российской империи. В казахской среде, например, фамилии часто русифицировали через этот суффикс: имя отца становилось основой, а «-ов» указывало на принадлежность роду.

Географически фамилия Сейтканова чаще всего встречается в Казахстане, Киргизии, а также среди татар и башкир. В России носители сосредоточены в Оренбургской, Астраханской областях и в Башкортостане. Предки человека с такой фамилией, скорее всего, были кочевниками-скотоводами или земледельцами, а само имя указывает на уважаемый род, возможно, связанный со старшинами или аксакалами. Встречается и вариант написания через «Сейтқан» (с буквой қ в казахском), но в русской записи закрепилось «Сейтканов».