Фамилия Сейтказинов — почти стопроцентный маркер казахского или тюркского происхождения, и её разбор стоит начать не с корня, а с географии бытования. Она редка за пределами Казахстана и сопредельных регионов России (Оренбуржье, Астраханская область), что сразу указывает на её этническую привязку.

В основе фамилии лежит составное личное имя Сейткази (Сейт-Казi). Первая часть — Сейт — это один из вариантов арабского имени Саид (Сайид), которое у тюркских народов означает «господин», «потомок пророка» или просто «счастливый». В казахской среде имена с элементом Сейт- (Сейтжан, Сейтбаттал) были распространены. Вторая часть — Казi — сокращённая форма имени Казим (от арабского «сдерживающий гнев», «терпеливый») или же восходит к слову «кази» (судья, знаток шариата). Таким образом, имя Сейткази могло означать «господин-судья» или «счастливый Казим».

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе имени Сейткази добавили суффикс -нов. Это не совсем типично для казахских фамилий, которые чаще заканчиваются на -ов, -ев, -ин, но в русской канцелярской традиции XIX–XX веков фамилии от имён на -и, -ы нередко получали именно такой суффикс (сравните: Ахмет — Ахметов, но Сейткази — Сейтказинов). Форма «Сейтказинов» буквально означает «сын Сейткази» или «принадлежащий роду Сейткази».

В отличие от многих русских фамилий, которые закрепились за крестьянами после отмены крепостного права, Сейтказиновы — фамилия более поздняя по времени фиксации. Она могла оформиться в советский период, когда казахи и другие тюркские народы массово получали русские окончания фамилий при паспортизации. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был рядовым скотоводом или земледельцем, а имя Сейткази ему дали по религиозной или родовой традиции — без связи с сословием или ремеслом.

Среди однокоренных фамилий — Сейтказин (с более редким суффиксом -ин), Сейтказыев, а также фамилии, образованные от той же основы, но с другим порядком частей, например Казисеитов. В русском языке фамилия склоняется как обычное притяжательное прилагательное: Сейтказинов, Сейтказинова, Сейтказинову. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Сейткази́нов, хотя в устной речи возможны варианты.