Фамилия Сейткова — женская форма фамилии Сейтков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ов/-ев — самая распространённая в русских фамилиях, она указывает на принадлежность: «чей?» — Сейтков, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Сейтко. В основе лежит либо тюркское имя Сейт (арабское Сайид, «господин», «потомок пророка»), либо его уменьшительная форма с русским суффиксом -к(о), который часто добавляли к иноязычным именам при освоении. Таким образом, Сейтко — это «маленький Сейт» или ласковое обращение к носителю имени Сейт.

Версия с тюркским происхождением — основная и наиболее правдоподобная. Имя Сейт (вариант Саит, Сеит) было распространено у татар, башкир, казахов и других тюркоязычных народов. Попадая в русскую среду, оно обрастало типичными славянскими формантами: Сейт → Сейтко → Сейтков. Фамилия могла закрепиться как у крещёных татар или башкир, так и у русских, в чьих семьях были тюркские корни. Встречается она преимущественно в регионах Поволжья, Приуралья, а также в Западной Сибири — там, где исторически жили тюркские народы и шло активное смешение населения.

Менее вероятно, но возможно, что основа — не имя, а прозвище. В некоторых говорах слово «сейт» или «сайт» могло означать что-то вроде «болтун», «пустомеля» (от глагола «сейтить» — говорить вздор). Однако это сугубо местное, диалектное значение, и оно не выдерживает конкуренции с антропонимической традицией: фамилий от тюркских имён в русском ономастиконе сотни, а от редкого диалектного слова — единицы.

Фамилия Сейткова не относится к числу дворянских или старинных боярских. Это, скорее всего, поздняя фамилия крестьянского или мещанского сословия, возникшая не ранее XVII–XVIII веков, когда у непривилегированных слоёв населения начали массово появляться наследственные фамилии. Встречаются и варианты написания: Сайткова, Сеиткова — они отражают колебания в произношении неударного гласного. Для владельцев фамилии это хороший повод заглянуть в семейные предания: если в роду помнят о татарских или башкирских корнях, версия с именем Сейт получает прямое подтверждение.