Фамилия Сейткужина — женская форма фамилии Сейткужин, распространённой в среде казахского и тюркоязычного населения, а также у потомков смешанных браков в России. Основа фамилии — сложное имя Сейткужа, которое состоит из двух компонентов: «Сейт» (вариант имени Сейид, от арабского «господин», «вождь») и «кужа» (в тюркских языках — «хозяин», «владелец», часто в значении «господин» или «супруг»). Таким образом, имя-основа Сейткужа буквально означает «господин-хозяин» или «почтенный владелец», что подчёркивало высокий статус или уважение к носителю.

Модель образования фамилии типична для русской патронимической системы, заимствованной многими тюркскими народами: к основе имени добавили русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «сын Сейткужи»). Женская форма Сейткужина возникла естественным путём: в русском языке фамилии на -ин меняют окончание на -а для женщин. Встречается написание с буквой «ы» в середине (Сейткыжина), что отражает особенности казахской фонетики, где звук «ы» может заменять «у» в некоторых диалектах.

Географически фамилия чаще всего фиксируется в северных и центральных областях Казахстана (Акмолинская, Костанайская области), а также среди казахской диаспоры в Оренбургской, Челябинской и Астраханской областях России. В дореволюционных источниках Сейткужины могли принадлежать к «чёрной кости» (простым скотоводам или земледельцам), но само имя-основа намекает на возможное происхождение от уважаемого аксакала или мелкого родового старшины. Споров о корнях фамилии почти нет: она прозрачно раскладывается на составные части, и обе версии — «арабское Сейид + тюркское кужа» — сходятся в значении «почтенный хозяин».