Фамилия Сейткужин — редкий пример тюркско-арабского сращения, которое закрепилось в казахской и, реже, башкирской среде. Её основа — составное имя Сейткужа, где первая часть восходит к арабскому «саййид» (господин, потомок пророка), а вторая — к персидскому «худжа» (хозяин, господин, уважаемый человек). В тюркской ономастике такие сдвоенные имена с компонентом «кужа» давали детям, чтобы подчеркнуть почтенное происхождение или желаемое положение.

Модель образования проста: к основе Сейткужа добавили русский патронимический суффикс -ин, который в XIX–XX веках массово прикрепляли к тюркским фамилиям при русификации документов. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Сейткужин, то есть сын или потомок Сейткужи. Более архаичная форма без суффикса — Сейткужа — тоже встречается, но реже.

Географически фамилия привязана к Западному Казахстану и Оренбуржью, где в XVIII–XIX веках активно шло смешение казахских родов с русским административным учётом. Встречается она и у башкир, но там чаще фиксируется вариант Сейткужин с тем же значением. Поскольку имя Сейткужа было личным, а не родовым прозвищем, носители фамилии — потомки конкретного человека, которого так назвали при рождении. Сословно предки могли быть как скотоводами-кочевниками, так и оседлыми торговцами или служащими — имя не указывает на ремесло.

В русских документах фамилию иногда записывали с ошибками — Сейткузин, Сейткужын, — но правильное написание через «ж» сохраняет исходное произношение. Если сравнивать с однокоренными, то ближайшие параллели — фамилии Кужанов, Кужин, Сейтов, Сейтжанов; все они образованы от тех же корней, но с разными суффиксами и порядком частей.