Фамилия Сейтякубов происходит от тюркского имени Сейтякуб, которое представляет собой слияние двух арабских имён — Сейит (Сайид, «господин, потомок пророка») и Якуб (библейский Иаков, в исламе — пророк). Получается имя-гибрид, где первая часть указывает на высокий религиозный статус, а вторая — на библейско-коранического персонажа. Такие составные имена характерны для татарской, башкирской, отчасти казахской и ногайской традиций, где часто соединяли арабские корни, чтобы подчеркнуть уважение к исламским святыням.

Суффикс -ов в русской записи указывает на то, что фамилия оформлялась по русской патронимической модели уже после присоединения регионов к Российской империи. В оригинальной тюркской среде она звучала бы как Сейтякуб улы (сын Сейтякуба) или Сейтякуб кызы (дочь Сейтякуба), но при переписях и учёте русские чиновники добавляли стандартное окончание, чтобы вписать фамилию в имперскую бюрократию. Поэтому Сейтякубов — это не исконная фамилия, а русифицированная форма отчества.

Географически фамилия чаще всего встречается среди крымских татар, а также у татар и башкир на Южном Урале и в Западной Сибири. В Крыму имя Сейтякуб было довольно распространённым: его носили муллы, торговцы и ремесленники. Встречается и вариант Сейтякубов без йотации (Сетякубов), что связано с особенностями произношения в некоторых диалектах.

Интересная деталь: имя Сейит (Сайид) в тюркской среде нередко давали людям, которые действительно вели свой род от пророка Мухаммеда, но со временем оно стало просто почётным прозвищем. Поэтому предки Сейтякубовых могли принадлежать к духовному сословию — муллам, хазретам, либо к купеческим семьям, которые хотели подчеркнуть свою религиозную респектабельность. Однако точного сословного статуса без генеалогического исследования не установить: в XIX веке это имя носили и крестьяне, и купцы.

В ономастике фамилия интересна тем, что в ней сохранилась двойная арабская основа, редкая для русских фамилий тюркского происхождения. В отличие от простых патронимов вроде Абдулов или Ибрагимов, здесь два корня склеены в одно имя, что указывает на высокую степень арабизации имени у предков.