Фамилия Шабалтун — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов или -ин, она не образуется по модели «чей сын?» (чей? — Иванов). Модель Шабалтун — это прозвище, застывшее в именительном падеже, без суффикса принадлежности. Такие фамилии типичны для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где прозвища часто переходили в фамилии без изменений.

Основа — «шабалтун» — явно связана с глаголом «шаболтать» или «шабалить». В русских говорах «шабалда» — это болтун, пустомеля, человек, который мелет языком без толку. Суффикс -ун в русском языке образует названия лиц по характерному действию: болтун, ворчун, крикун. Шабалтун, таким образом, — тот, кто «шаболтает», то есть говорит вздор, тараторит. Прозвище могли дать болтливому человеку, пустослову, а закрепилось оно как фамилия.

Есть и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «шабала» — это обтрепанный край одежды, лохмотья. Тогда «шабалтун» мог быть неряшливо одетым человеком. Но эта гипотеза слабее: суффикс -ун типичен именно для деятелей, а не для носителей признака (сравните: «грязнуля» — не «грязнун»).

Географически фамилия Шабалтун встречается в основном на западе России, в Беларуси и на Украине. Это подтверждает её связь с местной прозвищной традицией, где фамилии на -ун не редкость (например, Скакун, Крикун, Брехун). Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — в дворянской среде такие прозвища не закреплялись.

Если искать однокоренные фамилии, то ближе всех Шабалда и Шабалдин — они образованы от той же основы, но уже с типичным русским суффиксом -ин. Шабалтун же сохранил исходную, «живую» форму прозвища, что делает её более древней по духу, хотя и не по времени фиксации.