Фамилия Шабалтунова образована от мужской формы Шабалтунов и восходит к прозвищу Шабалтун. В основе лежит диалектный глагол «шабалтать» — «болтать, качать, трясти» или «пустословить, говорить вздор». В говорах русского Севера и Урала «шабалтун» — это либо болтун, пустомеля, либо человек, который ходит вразвалку, неуклюже переваливается. Прозвище давали тому, кто выделялся манерой речи или походки.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов- присоединился к основе Шабалтун, а в женском варианте добавилось окончание -а. Фамилия относится к патронимическим, то есть указывает на отца: Шабалтунов — сын Шабалтуна. Аналогично строились фамилии от прозвищ с суффиксом -ун: Болтунов, Говорунов, Хлопотунов.

Географически фамилия привязана к северным и северо-восточным регионам России. В переписях XVII–XVIII веков прозвище Шабалтун фиксируется в Вятской и Пермской губерниях, а также в Поморье. Встречается вариант Шабалдин — от того же корня, но с другой суффиксацией. Редкий суффикс -тун- (в отличие от частого -ун-) указывает на местную диалектную особенность: в северных говорах прибавляли -т- для усиления звучания.

Сословно предки носителя фамилии, скорее всего, относились к государственным крестьянам или посадским людям. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В XIX веке Шабалтуновы встречаются среди крестьян Архангельской и Вологодской губерний, а также среди сибирских старожилов, переселившихся за Урал.

Сегодня фамилия остаётся редкой. Её носители живут в основном на Урале, в Сибири и в центральных областях России. По данным современных телефонных справочников, наибольшая концентрация — в Свердловской и Кировской областях.