Фамилия Шабашкин образована от прозвища Шабашка. В русских говорах «шабашка» — это не только неформальная подработка, но и человек, который её ищет: бродяга, мастеровой без постоянного места, ремесленник-отходник. В основе лежит слово «шабаш» (конец работы, отдых), а «шабашить» означало подрабатывать на стороне после основной службы. Прозвище Шабашка могли дать либо человеку, постоянно ищущему случайный заработок, либо, наоборот, умельцу, который брался за любую работу.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шабашкин — «сын Шабашки» или «из семьи Шабашки». Это типичная модель русских фамилий XVI–XVII веков, когда фамилии на -ин образовывались от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. Важно не путать с фамилией Шабашов: там основа Шабаш (от имени собственного или от названия субботнего отдыха у евреев), а Шабашкин — именно от прозвища на -ка.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России — там, где было развито отходничество: крестьяне уходили на заработки в города. В словаре Веселовского «Ономастикон» есть упоминание крестьянина Шабашки (XV век), что подтверждает древность прозвища. В XIX веке фамилия фиксируется в Вятской, Костромской и Ярославской губерниях.

Редкая особенность: ударение в фамилии плавающее. В большинстве говоров ударение падает на второй слог (Шаба́шкин), но в некоторых регионах — на первый (Ша́башкин). Это связано с тем, что в разных говорах по-разному произносили само прозвище: «шаба́шка» (ударение на второй слог) или «ша́башка» (на первый, от глагола «шабашить»).