Фамилия Шабохова звучит нестандартно для русского уха — в ней нет привычных «-ов» или «-ин», а суффикс «-ов» спрятан за конечным «-а». На самом деле перед нами женская форма фамилии Шабохов, которая образована по стандартной патронимической модели: от личного имени или прозвища Шабох с помощью суффикса принадлежности «-ов». Мужской вариант — Шабохов, женский — Шабохова.

Корень «шабох» — тёмный и редкий. Скорее всего, он восходит к тюркским или иранским языкам, где «шаб» означает «ночь» (ср. персидское «шаб»), а «ох» может быть вариантом «ах» — «луна» или междометие. В таком случае прозвище Шабох могло означать «ночная луна» или «ночной свет», что характерно для поэтичных прозвищ в восточных культурах. Однако есть и более прозаичная версия: в некоторых тюркских диалектах «шабох» — искажённое «шебеке» (сеть, решётка), и прозвище могли дать человеку, жившему возле решётчатого окна или занимавшемуся плетением.

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России — особенно к Северному Кавказу, Дагестану и Чечне, где тюркские и иранские заимствования в фамилиях обычны. Встречается она и у осетин, у которых есть фамилия Шабоховы, что подтверждает иранский след. В центральной России Шабоховы — большая редкость, и если они там и появлялись, то, скорее всего, в результате миграции с Кавказа.

Словообразовательная модель необычна: суффикс «-ов» присоединён не к русскому, а к заимствованному корню, причём конечный «х» в основе не смягчается, что типично для фамилий неславянского происхождения. Сравните с фамилией Шабанов (от «шабан» — месяц в мусульманском календаре) — здесь другой суффикс и другая огласовка. Шабохов — более редкий вариант, и его носители, вероятно, сохранили исходное произношение корня без адаптации к русской фонетике.

Если опираться на словарь Б. Унбегауна, такие фамилии на «-ов» от тюркских основ он относит к поздним, сформировавшимся уже после вхождения кавказских народов в состав Российской империи. То есть предки Шабоховых могли получить фамилию в XIX веке при переписях или при оформлении документов, когда местным жителям давали русские окончания. Само прозвище Шабох, скорее всего, было старше и передавалось устно.