Фамилия Шачковы образована от имени или прозвища Шачок. В русской ономастике это уменьшительно-ласкательная форма от Шак, а Шак, в свою очередь, — производное от крестильного имени Исаак (библейское значение — «смех»). В народной среде имя Исаак упростилось до Саак, Сак, а затем до Шак, что характерно для говоров, где «с» перед гласной переходило в «ш» (как в фамилиях Шапошников от Сапожник, Шишков от Сосна). Суффикс -ок придаёт прозвищу оттенок ласкательности или уменьшительности: Шачок — «маленький Шак» или «сын Шака».

Фамилия закрепилась по модели -ов, типичной для русских родовых прозваний: Шачков буквально означает «чей?» — из рода Шачка. В документах XVI–XVII веков встречаются упоминания крестьян и посадских людей с основой Шак/Шачко, особенно в северных и центральных уездах России. Например, в переписных книгах Новгородской земли фигурируют Шаковы и Шачковы — с чередованием «к/ч», что подтверждает живую устную традицию образования.

Версия о происхождении от тюркского слова «шах» (царь, правитель) маловероятна: для русского уха такое заимствование дало бы фамилию Шахов или Шахинов, а суффикс -ок и мягкое «ч» указывают на славянскую адаптацию имени, а не на прямой восточный корень. Также не стоит путать Шачковых с редкой фамилией Шачковский — вторая имеет польское происхождение и связана с географическим названием Шачково, тогда как Шачковы — это исконно русская фамилия, возникшая в крестьянской или мещанской среде.

Сегодня фамилия встречается преимущественно в Поволжье, на Урале и в Сибири — регионах, куда переселялись крестьяне из центральной России в XVIII–XIX веках. По данным переписей, Шачковы не принадлежали к дворянским родам, не имели герба и не входили в «Бархатную книгу», что подтверждает их происхождение из податных сословий.