Фамилия Шафейкина — женская форма от Шафейкин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Модель на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шафейкина, то есть дочь или жена Шафейки. Такие фамилии в русской традиции чаще всего образовывались от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я. Здесь основа — Шафейка, а не Шафей.

Само прозвище Шафейка — звучит необычно, и это даёт простор для версий. Самая прямая и правдоподобная — связь с тюркским словом «шафей» (или «шафи»), что означает «целитель», «исцеляющий» или «заступник». В мусульманской традиции это одно из имён Аллаха, но в быту могло стать личным именем или прозвищем для знахаря, лекаря. Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к диалектному русскому глаголу «шафейкать» — болтать, пустословить (сравните с «шафей» в некоторых говорах как «болтун»). Однако тюркская версия выглядит весомее: фамилии с корнем на «шаф-» (Шафиков, Шафеев) встречаются у татар и башкир, а суффикс -ин характерен для регионов, где русские фамилии впитывали иноязычные основы.

Географически фамилия редкая и не имеет ярко выраженного «гнезда». В дореволюционных переписях и современных базах Шафейкины встречаются точечно, чаще в Поволжье и на Урале — зонах активного контакта русских с тюркскими народами. Это косвенно подтверждает версию о заимствованном прозвище.

Сословная принадлежность предков неясна. Прозвище Шафейка мог получить и крестьянин, и посадский человек — отсылка к ремеслу целителя не обязательно означала высокий статус, скорее уважение в своей среде. Фамилия не дворянская, не купеческая, а народная, бытовая. Её уникальность — в сочетании тюркской основы с чисто русским суффиксом принадлежности, что делает Шафейкину характерным примером межэтнического обмена в русском ономастиконе.