Фамилия Шафигин образована от арабского имени Шафига, которое в переводе на русский означает «посредник между кем-либо, заступник». Согласно другой версии, оно переводится как «милосердие, сострадание». Имя Шафига распространено как в женской, так и в мужской форме. Такие фамилии возникали, когда женщина становилась главой семьи в случае вдовства, тяжелой болезни мужа или во время его отсутствия по каким-либо причинам. Таким образом, потомок человека, которого звали Шафига, со временем получил фамилию Шафигин.