Фамилия Шафигллина — женская форма фамилии Шафигллин, и её основа, скорее всего, восходит к мужскому имени Шафигулла. Это имя арабского происхождения, сложное: «шафиг» (шафи) означает «заступник», «исцеляющий», а «улла» — «Аллах». Таким образом, имя переводится как «заступник Аллаха» или «тот, кто исцеляет с помощью Аллаха». В мусульманской традиции такие имена — не просто прозвища, а благочестивые формулы, выражающие надежду на божественную защиту.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе имени Шафигулла (в русской записи — Шафигулла) добавили русский патронимический суффикс -ин, который в тюркских фамилиях, попавших в русскую среду, стал типичным. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Шафигуллин», то есть сын Шафигуллы. Женский вариант, соответственно, Шафигллина. Двойное «л» в фамилии — результат адаптации: в арабском и тюркском произношении звук «л» может быть долгим или удваиваться при стечении согласных, а в русском написании это закрепилось как «лл».

Географически фамилия Шафигллина встречается преимущественно в регионах с татарским и башкирским населением, а также среди кавказских народов, исповедующих ислам. Встречается и в смешанных формах, например, Шафигуллина, где удвоение «л» отсутствует — это вариант, возникший при упрощённой записи в документах. Разница в написании не меняет значения, но может указывать на особенности местного произношения или канцелярской фиксации.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, такими как Шафиков или Шафиев, то Шафигллина выделяется именно теофорным корнем (имя, включающее «Аллах»). Это ставит её в ряд фамилий, образованных от имён с религиозным подтекстом — например, Габдуллин, Хайруллин, Усманов. Предки носительницы фамилии, вероятно, были людьми, чьё имя или прозвище подчёркивало веру в заступничество высшей силы, а не профессию или внешность.