Фамилия Шафигов — редкий случай, когда основа не оставляет сомнений в происхождении, а суффикс заставляет задуматься о географии. В её основе лежит арабское мужское имя Шафиг (Шафик), которое переводится как «сострадательный», «милосердный», «жалеющий». Это имя широко распространено в исламском мире, и в России его носили преимущественно татары и народы Кавказа.

Удивление вызывает суффикс -ов. В подавляющем большинстве тюркских фамилий, особенно татарских, используется именно он, а не -ин, который чаще встречается у русских фамилий, образованных от имён на -а/-я. Однако филологи отмечают, что фамилии на -ов от имён на мягкий согласный (Шафиг) — норма для тюркской ономастики. Это прямо указывает, что предок носителя фамилии был записан в метриках или ревизских сказках как «Шафигов сын», то есть «сын Шафига».

Если отбросить суффикс, остаётся корень, который встречается в других фамилиях: Шафигуллин (Шафиг + уллах, «милость Аллаха»), Шафиков (та же основа, но с другим суффиксом). Шафигов — более редкий вариант, и его написание через «г» (а не через «к») — не ошибка, а точная передача мягкого звонкого звука в конце имени.

Сословная принадлежность, скорее всего, крестьянская или мещанская. Дворянские фамилии у татар и башкир чаще образовывались по другим моделям (на -ский, -ев от более сложных основ), а Шафигов — фамилия «простого» человека, которого назвали по отцу-Шафигу. Встречается она в основном в Татарстане, Башкортостане и в среде казанских татар, что подтверждается данными переписей XIX века — тогда крестьян с такой фамилией фиксировали в Казанской и Уфимской губерниях.