Фамилия Шафигуллин образована от мужского тюркского имени Шафигулла, которое в переводе с арабского означает «Аллах-защитник». Вероятно, родители, нарекая ребенка таким именем, как Шафигулла, желали своему сыну стать достойным мусульманином. Кроме того, не исключено, что нарекая сына именем Шафигулла, родители надеялись на покровительство и защиту Аллаха в отношении их чада. Таким образом, потомок человека, которого звали Шафигулла, со временем получил фамилию Шафигуллин.