Фамилия Шшафигулина — редкий случай, когда написание сразу бросается в глаза. Двойная «ш» в начале не является орфографической ошибкой или опечаткой. Это результат исторической передачи звука через арабскую графику в кириллицу. Исходная форма — Шафигуллина, где двойное «л» в тюркских языках обозначает долгий согласный, а на письме иногда отражается как удвоение соседнего звука или его смещение. В данном варианте произошла своеобразная метатеза: долгота перешла на «ш», что встречается в диалектном произношении или при неточной записи паспортистами.

Основа фамилии — мужское имя Шафигулла, распространённое у татар и башкир. Оно арабского происхождения и складывается из двух корней: «шафи» — «исцеляющий» (от аш-Шафи, одно из имён Аллаха) и «улла» — «Аллах». В сумме имя означает «исцеление Аллаха» или «дарующий здоровье от Бога». Фамилия образована по типичной для тюркских народов модели: к имени добавляется притяжательный суффикс «-ин» (в русской адаптации), указывающий на принадлежность роду. То есть Шшафигулина — «дочь/жена Шафигуллы».

По суффиксу «-ин» можно определить, что фамилия прошла русификацию в среде, где оформление женских фамилий шло по русскому образцу. В татарской традиции женская форма могла бы звучать как Шафигуллина, без окончания «-а». Вариант с двойной «ш» — локальный, вероятно, закрепившийся в документах конкретной семьи. Носительницы этой фамилии — почти наверняка потомки человека по имени Шафигулла, который жил в Волго-Уральском регионе, где такие имена были особенно популярны в XIX — начале XX века.

Сословно предки скорее всего относились к крестьянам или мещанам, поскольку имена с религиозным смыслом чаще давали в простонародной среде, а не в дворянской. Фамилия не указывает на конкретное ремесло, но связывает род с исламской культурой, где имя-оберег должно было приносить здоровье и благополучие.