Фамилия Шафрустова — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В первую очередь бросается в глаза необычное сочетание звуков, которое нехарактерно для исконно русских корней. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, имеющего западноевропейские или еврейские корни, которое затем было русифицировано с помощью типичного суффикса принадлежности -ов.

Основа «Шафруст» может быть переосмыслением немецкой или идишской фамилии или прозвища. Наиболее вероятная версия связывает её с немецким «Schaf» (овца) или «Schaff» (создание, хозяйство) и «Rust» (ржавчина, или, в диалектах, покой, отдых). В таком случае прозвище Шафруст могло означать «овечий покой» или «хозяин покоя» — метафорическое имя для спокойного, хозяйственного человека. Менее вероятна, но возможна связь с еврейской фамилией Шафран (от названия пряности), которая в устной речи могла исказиться до «Шафруст» под влиянием местных говоров.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в русской среде по патронимической модели: «чей сын?» — Шафрустов, то есть сын человека по прозвищу Шафруст. Окончание -а в современной форме (Шафрустова) — женский вариант. Географически такая фамилия могла закрепиться в регионах, где исторически селились немецкие колонисты (Поволжье, юг Украины) или в черте оседлости на западе Российской империи, где происходило смешение еврейских и славянских антропонимов.

В отличие от фамилий, образованных от очевидных ремёсел (Кузнецов) или имён (Иванов), Шафрустова — это «тёмная» фамилия, указывающая на переселенческое или диаспоральное прошлое предков. Её носитель мог быть выходцем из среды ремесленников или мелких торговцев, получившим прозвище за характер или род занятий, которое затем было записано в документах на русский лад. Сегодня эта фамилия встречается крайне редко, что делает её своеобразным маркером уникальной семейной истории.