Фамилия Шафрыгина — женская форма, мужской вариант — Шафрыгин. Её основа — прозвище или неканоническое имя Шафрыга. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шафрыгин, то есть сын или потомок Шафрыги. Модель образования типична для северных и центральных регионов России, где -ин конкурировал с -ов.

Корень слова «шафрыга» затемнён. Скорее всего, это диалектное или профессиональное прозвище. В говорах русского севера и Урала «шафра» или «шафрыга» могло означать нечто мелкое, шустрое или суетливое — возможно, производное от «шафранить» (суетиться, хлопотать). Есть и другая версия: связь с тюркским «шафран» (пряность, жёлтый цвет), но она менее вероятна — фамилия нехарактерна для регионов с тюркским влиянием, а суффикс -ыга не типичен для заимствований.

Встречаемость фамилии Шафрыгин/Шафрыгина крайне низкая, что говорит о её локальном происхождении. Основные следы — в документах Пермской губернии и Удмуртии. Предки носителя, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище по характеру или занятию. Редкость фамилии делает её ценным маркером для генеалогического поиска: круг однофамильцев узок, что упрощает восстановление родословной.

Если сравнивать с однокоренными — Шафранов, Шафрин, — то Шафрыгин стоит особняком: форма на -ыга (а не -ан или -ин) указывает на прозвищную основу, а не на имя или профессию. Это отличает её от более «прозрачных» фамилий того же звукового ряда.