Фамилия Шафрыгин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа, «Шафрыг-», не встречается в современных русских говорах как нарицательное слово, поэтому этимология строится на сопоставлении с личными именами и прозвищами, а также на диалектной фонетике.

Наиболее вероятная версия — образование от крестильного имени. В основе может лежать форма Шафран или Шафраний — народные варианты греческого имени Сафроний (от «софрон» — здравомыслящий, благоразумный). В русской среде это имя давало множество производных: Сафрон, Сафронов, Шафранов, а также Шафран — так называли человека в быту. Суффикс -ыгин (-ыга) указывает на принадлежность: Шафрыга — так могли прозвать сына или слугу Шафрана. Чередование «а»/«ы» в корне (Шафран — Шафрыга) — результат диалектного «аканья» или упрощения в быстрой речи, когда безударный гласный редуцировался до «ы»: Шафран → Шафрын → Шафрыга.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «шафр» (сравните с татарским «шафран» — пряность, жёлтый цвет) или с арабским «шариф» (благородный, знатный). В таком случае фамилия могла возникнуть у крещёных татар или в среде русских, живших по соседству с тюркскими народами. Однако суффикс -ыгин — типично русский, а не татарский, что склоняет к первой версии.

Географически фамилия Шафрыгин встречается редко и в основном в центральных областях России — в Тверской, Ярославской, Московской губерниях. В дореволюционных переписях носители записаны как крестьяне и мещане, без указания на дворянство. Это косвенно подтверждает бытовое происхождение от прозвища или уменьшительного имени, а не от фамилии знатного рода.

Таким образом, предок носителя фамилии Шафрыгин, скорее всего, был человеком по имени Шафран или его сыном, прозванным Шафрыгой. Фамилия сохранила редкую диалектную огласовку, что делает её ценной для историков языка.