Фамилия Шафрин звучит на инославянский лад, но её корни, скорее всего, еврейские. В основе лежит мужское личное имя Шафра, которое в идише и иврите связано со словом «шафран» — дорогой восточной пряностью, дававшей жёлтый цвет. В еврейской традиции такие «цветочные» имена были распространены, особенно в местечках черты оседлости. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шафрин — «сын Шафры», «из семьи Шафры».

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от прозвища Шафра, которое могли дать рыжему или желтоволосому человеку по ассоциации с цветом шафрана. Однако в русской среде фамилия Шафрин встречается редко и преимущественно в тех регионах, где исторически жили еврейские общины: на западе Украины, в Беларуси, в Молдове.

Словообразовательная модель проста: основа Шафр- плюс типичный русский патронимический суффикс -ин. Это характерно для фамилий, которые оформлялись по русскому образцу в документах XIX века, когда еврейское население Российской империи получало обязательные фамилии. В отличие от фамилий на -ский или -ич, Шафрин не несёт сословной окраски — её могли носить и мещане, и ремесленники.

Стоит отличать Шафрина от более распространённой фамилии Шафранов, которая образована от названия растения напрямую, без личного имени. Шафрин же — это именно отчество, а не «растительная» фамилия. Встречается и вариант Шафринский, но он уже указывает на топонимическое происхождение — от названия населённого пункта вроде Шафраново.

Однозначно сказать, кем были предки Шафриных, нельзя: имя Шафра не привязано к конкретному ремеслу или социальному слою. Ясно одно: фамилия эта — свидетельство того, как в XIX веке личное имя, пусть и небиблейское, стало родовым знаком целой семьи.