Фамилия Шафров — редкий случай в русской ономастике, где иноязычная основа соединилась с типичным русским патронимическим суффиксом -ов. Вопреки возможному предположению, корень здесь не немецкий (от Schaffner — «управляющий»), а тюркский. В основе лежит мужское имя Шафр — вариант арабского Шафи (в переводе «заступник», «целитель»), которое через татарскую или башкирскую среду попало в русские земли. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «Шафров» буквально значит «сын Шафра».

Версия о происхождении от прозвища Шафра́ (от диалектного «шафранить» — «тереть, скрести») менее убедительна, хотя и встречается. Такое прозвище мог получить дотошный или ворчливый человек, но слово это слишком локальное, а распространение фамилии шире одной губернии.

Географически Шафровы чаще всего встречаются на Средней Волге и в Приуралье — в Самарской, Оренбургской областях и Татарстане. Это объяснимо: именно в этих краях в XVI–XVII веках активно шло смешение русского и тюркского населения. Предки носителей фамилии, скорее всего, были служилыми людьми из татар или крещёными инородцами, которые получали поместья и записывались в казачьи или стрелецкие списки. В дворянские родословные книги Шафровы не попали — фамилия осталась в крестьянской и мещанской среде.

На письме фамилию иногда путают с Шафрановым (от названия пряности), но это разные образования: у Шафранова основа — нарицательное слово, у Шафрова — личное имя.